大部分灰質異位，僅為一個小結節(jié)，或是條索狀灰質異位帶。故灰質異位癲癇手術并不認為是大手術，但由于灰質異位在室管膜下等部位時，位置較深，較難定位或搜索到結節(jié)，準確度與精確度要求較高，如果稍有誤差，則可能造成不良影響。病灶較大的癲癇，則較為安全。但目前已有精準立體定向手術，及微創(chuàng)手術，能更準確、更精確地使灰質異位癲癇手術得到開展。