間質瘤不用良性和惡性定義，用危險程度定義，間質瘤危險程度分為極低危、低危、中危和高危。可以將極低危理解為良性，將低危、中危和高危理解為惡性，危險程度越高，惡性程度越高。但是在臨床和學術上，并非如此定義，間質瘤危險程度通過3+1指標定義。間質瘤瘤體越大，危險程度越高，瘤體是2cm以內，還是2-5cm或5-10cm，還是更大。以及生長部位是胃，還是小腸或結腸，甚至于胃腸道之外，如腹腔內、腸系膜上等，生長部位不同，危險程度有所區(qū)別。顯微鏡下觀察病理核分裂象，核分裂象越多越高，危險程度越高。除這3個指標以外，還有腫瘤有無破裂，一旦破裂，均屬于高危。若未破裂，可以排除在高危范圍內，需要結合上述3個指標，若瘤體大且核分裂象高，均屬于高危。