一般要求在做腸鏡的前一天和檢查當天要喝瀉藥，還要避免使用抗血小板的藥物，然后才能做腸鏡。做腸鏡是把一根腸鏡的鏡子從肛門口插入，然后分別通過直腸、乙狀結腸、降結腸、橫結腸、升結腸，然后到達回盲部，但是大多數還會再進一步地通過回盲部，經過回盲瓣，達到回腸末端的位置。所以大多數腸鏡是通過肛門口，達到回腸末端，來檢查回腸末端、大腸以及直腸的情況。同時如果還要做胃鏡，胃鏡是從口腔進入，分別通過食管、胃、十二指腸球部以及降部。