功能性腹瀉的病程，有的研究報道在短期內1周、2周、1個月即可痊愈，也有研究表明有些功能性腹瀉患者半年甚至1年才能有治愈的過程，功能性腹瀉是自限性的過程，預后都是良好的。臨床中常見的功能性腹瀉，如果是因為菌群失調、菌群紊亂而導致的，給予調節(jié)菌群的藥物，尤其是用藥合理規(guī)范、病人依從性也比較好，短期之內1周、2周、最多1個月，治愈的患者有很多。還有一部分功能性腹瀉反復發(fā)作、遷延不愈的患者，主要是神經功能紊亂，結合心理測評結果進行干預，對功能性腹瀉的指導意義非常大。功能性腹瀉一方面進行藥物治療，另一方面要注意平常生活規(guī)律、作息起居要有按時定時的習慣。