肛門流膿大多由于肛周膿腫或肛瘺引起，具體如下：1、肛周膿腫：常與局部皮膚損傷有關，肛周膿腫較難自行痊愈，大多都需切開引流。如果僅為皮膚表面膿腫，在切開后10-14天，膿腫會自然消退直至愈合；2、肛瘺：便秘、腹瀉患者容易產生肛竇、肛柱等部位損傷進而形成肛竇炎，如控制不佳則形成肛瘺。在肛門口、直腸內有小口，兩個口間有竇道相連，其中竇道稱為肛瘺。肛瘺愈合時間會較肛周膿腫愈合時間無限延長，甚至不能自行愈合。因此，肛瘺很難通過口服消炎藥就使癥狀緩解和消失，一般都要完整切開瘺管，使新生肉芽組織由內向外生成。肛瘺的治愈可以使肛周膿腫和肛周流膿的現象逐漸消退，直至消失。