早上起來小腹疼痛的原因，可能包括以下幾方面：1、胃腸道功能紊亂：表現(xiàn)為有時痛，有時不痛，呈間斷性表現(xiàn)，有時候伴有腹脹、大便性狀改變等。如果屬于這種情況，可以口服益生菌和降低腸道痙攣或降低腸道刺激敏感的藥物，如援生力維、得舒特等，一般可以緩解癥狀；2、胃腸道器質(zhì)性病變：如果針對功能性疼痛采用的治療措施沒有效果，需要檢查是否存在引起小腹疼痛的器質(zhì)性病變，器質(zhì)性病變是指腹腔中的臟器出現(xiàn)病變，如小腸腫瘤，包括間質(zhì)瘤等，炎癥，如克羅恩病等，結(jié)核、血管瘤等需要進行檢查，除了小腸病變可能還有結(jié)腸病變，如潰瘍性結(jié)腸炎等；3、其他：如果患者為女性，需要明確是否患有婦科炎癥。如果患者為男性，需要明確是否存在膀胱、前列腺、精囊腺炎癥或腫瘤等疾病，需要進行相關(guān)檢查。