到目前為止并沒有公認(rèn)的最佳的移植途徑，每一種移植的途徑都有優(yōu)缺點(diǎn)，譬如內(nèi)鏡途徑，最大的好處可以全結(jié)腸的給藥，但是存在內(nèi)鏡操作風(fēng)險(xiǎn)，譬如穿孔、出血、感染等。 灌腸方式比較方便可行經(jīng)濟(jì)費(fèi)用比較低，但是灌腸途徑也存在缺點(diǎn)，即灌腸部位只能夠到直腸或者直胰交界位置，這種情況沒辦法全結(jié)腸給藥，會影響療效。 另外也很難保證患者能夠保持一段時(shí)間，讓糞菌停留在腔里面，這樣也會影響療效。至于口服膠囊途徑是患者最容易接受的，相對不會引起不適感，也沒有其他操作風(fēng)險(xiǎn)，但是有缺點(diǎn)是很難保證糞菌膠囊里面的糞菌的有效性以及穩(wěn)定性。 一般情況下，在糞菌膠囊處理的過程中，有可能會損耗一些有益成分，從而影響整個(gè)糞菌移植療效，所以到目前為止，新鮮糞菌暫時(shí)還是無法替代的。