灰指甲感染以后治療相對較困難，因為指甲會增厚，原本較厚的角質物變得更厚或者破損，較厚的角質結構，針對水性、油性等外用藥制劑均有較強的抵御作用，所以治療效果較差，以前在沒有較好的抗真菌治療口服藥物時，我們通常采用拔甲的方式治療，即將指甲拔除，在指甲生長的過程中，不斷的給予強效的外用抗真菌治療藥物，大部分患者也可治愈。目前有較好的口服抗真菌治療藥物，較常用的包括特比萘芬、伊曲康唑、氟康唑，適合大部分患者使用，因為既可減少拔甲的痛苦，又可避免長期堅持外用敷藥的繁瑣，每天吃兩粒藥，或者每個月中只有一周服藥即可。但是口服藥物治療也有缺點，現(xiàn)在所有的抗真菌治療的口服藥物都是通過肝臟代謝，肝病、慢性肝炎、活動性肝炎患者則無法使用。