大部分肛瘺由細(xì)菌感染引起，多有直腸肛管周圍膿腫，免疫力正常情況下不會發(fā)生感染，當(dāng)勞累、抵抗力下降時，細(xì)菌可進(jìn)入到肛門內(nèi)外括約肌的間隙內(nèi)引發(fā)感染，進(jìn)一步擴(kuò)散到肛門周圍，形成肛門周圍的膿腫。膿腫表面的皮膚破潰或者膿腫切開引流后，膿液通過破口流到肛門外，膿液流出后膿腔逐漸縮小，形成橄欖形的管道即為肛瘺，單純性肛瘺可發(fā)展為復(fù)雜性肛瘺。