顱內(nèi)生殖細(xì)胞瘤的病因和胚胎發(fā)育有關(guān)。人體胚胎的發(fā)育過程中，中胚層系逐漸卷到人體的中心地帶，胚系的細(xì)胞會(huì)殘留在人體類似于中線的位置。部分患者會(huì)在縱隔、生殖腺殘留一些生殖細(xì)胞。這些生殖細(xì)胞，如果生長(zhǎng)發(fā)育過程中發(fā)生惡變，可發(fā)生生殖細(xì)胞瘤。顱內(nèi)生殖細(xì)胞瘤，比較好發(fā)的部位是（顱底部）鞍區(qū)和松果體區(qū)，部分發(fā)生于基底節(jié)和丘腦等位置。發(fā)生在鞍區(qū)的生殖細(xì)胞瘤，患者會(huì)出現(xiàn)內(nèi)分泌異常，部分兒童出現(xiàn)多飲多尿、性早熟，如果壓迫到鞍上區(qū)的視神經(jīng)和視交叉，會(huì)出現(xiàn)視力缺損。如果發(fā)生在松果體區(qū)，因?yàn)榭赡軙?huì)造成梗阻性腦積水，患兒會(huì)出現(xiàn)顱高壓引發(fā)的癥狀，如頭痛、惡心、嘔吐等。