自身免疫性腦炎臨床上輕癥患者80%預后良好，個別重癥或合并癥較多患者會遺留后遺癥，常見后遺癥包括精神癥狀與癲癇發(fā)作，并非重癥患者均會有后遺癥。臨床上曾有重癥患者于ICU重癥監(jiān)護室住院3-4個月后發(fā)現(xiàn)為畸胎瘤，至外科進行畸胎瘤手術切除，給予免疫治療后恢復良好，3個月后復查評估此患者達到95%以上正常人日常生活能力。自身免疫性腦炎如及時治療，則預后良好。