肛瘺的治療方法主要為手術(shù)治療，主要手術(shù)方式有兩種：肛瘺瘺管切除術(shù)和掛線術(shù)。單純性低位肛瘺，如沒有經(jīng)過肛門括約肌，可單純行瘺管切除術(shù)或瘺管縫合；如果肛瘺通過肛門括約肌，切除以后可能導(dǎo)致肛門失禁，可選擇掛線治療。目前還有一種正在研究中的治療方式，稱為瘺管填塞術(shù)，即在肛瘺瘺管中注射凝膠試劑，堵塞肛瘺。但此方法目前應(yīng)用尚不廣泛。