布加綜合征屬于進行性損害，如不治療無法自愈，預后較差，自然病程取決于布加綜合征的病變部位、性質(zhì)、范圍以及嚴重程度。如肝段下腔靜脈阻塞者，病程相對較長，肝靜脈段阻塞者，發(fā)病快、病程短，如為急性發(fā)作的布加綜合征，病程更短，嚴重者數(shù)周內(nèi)即可死亡，亞急性、慢性患者，病情發(fā)展緩慢，病程可以持續(xù)十年，甚至數(shù)十年，可引起淤血性肝硬化、肝功能衰竭、肝性腦病、肝腎綜合征以及肝昏迷，嚴重者可并發(fā)肝癌。