肉毒素的副作用與其作用類似，僅作用部位不同。當肉毒素過量注射或者注射部位不完全精準，則可能由于彌散作用累及臨近部位，產生副作用。當面部注射肉毒素可能造成面部不對稱、眉毛不對稱、上眼瞼下垂，甚至視物重影等副作用；當斜頸注射肉毒素，則可能出現(xiàn)吞咽困難、構音障礙等副作用，注射劑量過大，甚至可能出現(xiàn)類似中毒的癥狀。